Erste urkundliche Erwähnung des Namens Bönigen mit «Wernherus de Boningen». Er ist Zeuge in einem Streit zwischen dem Kloster Interlaken und Ritter Heinrich von Wimmis.

Bönigen wird erstmals urkundlich als Dorf «villa» vermerkt. Walther III. von Eschenbach-Oberhofen überträgt die ihm von Ritter Werner von Steffisburg und von den Brüdern Heinrich, Walter, Burchard und Berchtold von Ried überlassenen Reichslehen in Bönigen an das Kloster Interlaken.

Walther III. von Eschenbach-Oberhofen und sein Sohn Berchtold tauschen am 30. Oktober mit König Rudolf I. und dem Reich ihre Eigengüter zu Richenschwanden, Interlaken, Blatten auf den Flühen, Teufental, Balgerswil und Schwanden, gegen die Reichsdörfer Habkern und Bönigen.
Walther III. von Eschenbach-Oberhofen und sein Sohn Berchtold treten das Dorf Bönigen und die Alpen Iselten und Künzlen an das Kloster Interlaken ab und verzichten auf die Vogtei und alle Rechte.

Kampf bei Bönigen zwischen den Landleuten von Hasli und den Truppen der Freiherren von Weissenburg-Unspunnen.

Die Leute von Bönigen beteiligen sich am Bündnis der Gotteshausleute von Interlaken mit den Landleuten von Unterwalden gegen das Kloster Interlaken.

Die Gotteshausleute sagen sich vom Bündnis mit Unterwalden los und unterwerfen sich dem Kloster Interlaken und der Stadt Bern. Ausgewählte Folgende Bürger müssen sich als Bürgen für die von Bern auferlegten Bussen stellen: «Heinrich der Vrouwen, Wernher Stoller, Jenni Stoller, Chuoni von Hasle, Jenni Babst, Chuoni Louber, Chuoni ze nidrost, Heni der muller, Christan ab Wengen, Heini ab Erswanden».

Die Böniger beteiligen sich am «Bösen Bund» der Oberländer gegen die Klosterherrschaft und die Stadt Bern.

Die Bevölkerung lehnt nach mehrmaliger Befragung die Einführung des neuen, reformierten Glaubens ab.

Durch das Reformationsmandat vom 7. Februar wird das Kloster Interlaken aufgehoben und am 14. März den Abgesandten der Stadt Bern übergeben. Die Leute von Bönigen versuchen daraufhin (Kommentar: Schreibweise?) die ihnen lästig gewordenen Bodenzinsen, Tagewerke und Schulden loszuwerden, was ihnen teilweise auch gelang. Aufstand der Gotteshausleute gegen Bern. Niklaus Manuel unterwirft im «Inderlappischen Krieg» die Aufständischen. Bern führt am 4. November auf dem unweit des Klosters gelegenen «Witfeld» (wohl Höhematte) in Interlaken ein Strafgericht durch.

Vertrag zwischen dem Staate Bern und Bönigen über Besitz und die Bewirtschaftung der Wälder (Kantonnementsvertrag).

Bau des ersten Hotels am See (Hotel Bönigen, später Parkhotel).

Einrichtung einer Postablage, die 1873 in ein Postbüro III. Klasse umgewandelt wird.

Bönigen wird Endstation der «Bödelibahn». Bau des Bahnhofes mit öffentlichem Telegrafenbüro. Die Bahnlinie wird 1969 wieder aufgehoben, der Bahnhof später abgebrochen.

Erneuerung der Wasserversorgung, die 1897, unter Kostenbeteiligung der Burgergemeinde, ein weiteres Mal grundlegend erneuert wird.

Eröffnung des von der Firma Bucher–Durrer, Luzern, erstellten Elektrizitätswerkes mit einer Leistung von 100 PS. Das Netz wird im Jahr 2000 an die Bernischen Kraftwerke verkauft.

Die Gemischte Gemeinde erstellt zwischen dem Bahnhof und dem Parkhotel die Quaianlage. Verlängert 1963 bis zum Zügliweg und 1973 bis zur Fischmatte.

Ausbaggerung des Geländes beim heutigen Strandbad für den Bau des Dammes der Brünigbahn (Zentralbahn). Baubeginn der Werkstätte der BLS AG (Bezug 1916).

Die Gemeinde baut ein neues Schulhaus und bricht das 1817 von der Burgergemeinde erstellte erste Schulhaus ab.

legt die Schweizerische Eidgenossenschaft den Militärflugplatz Interlaken an.

Einweihung der neu erbauten Kirche mit Nebengebäude.

Bau eines weiteren Schulhauses mit Turnhalle und Turnplatz.

Bau des Kindergartens aus Mitteln der Stiftung Elisabeth Mühlemann (1879-1970).

Erweiterung und Umgestaltung des zwischen 1929 und 1939 vom Verkehrsverein Bönigen mehrere Male vergrösserten Strandbades. Umwandlung in eine Aktiengesellschaft.

Neubau der Zivilschutzanlage mit Wehrdienstmagazin.

Bau der neuen Wasserversorgung. Die Quellanlagen werden ab 2001 ein weiteres Mal in 5 Etappen erneuert.

Eröffnung des Dorfmuseums in der «Alten Pinte».

Eröffnung der linksufrigen Brienzerseestrasse A8.

Revision der Ortsplanung. Sie wird im 2010 erneut angepasst. Gefahrenkarte und Landschaft erhalten ein grösseres Gewicht.

Renovation und Umbau der Turnhalle.

Die Gemeinde im heutigen Sinn entsteht mit der Bernischen Staatsverfassung von 1831. Die Einwohnergemeinde ist die eigentliche politische Gemeinde, die Burgergemeinde Nachfolgerin der Bäuertgemeinde. Bis zum neuen Gemeindegesetz von 1852 laufen in Bönigen alle Geschäfte über die Burgergemeinde. Die Einwohnergemeinde fristet ein Schattendasein. Durch die Vergabe oder den Verkauf von Bauplätzen bestimmen die Burger sowohl die wirtschaftliche als auch die bauliche Entwicklung. Sie stellen grosse Landflächen unentgeltlich oder zu geringen Preisen der Allgemeinheit zur Verfügung und bleiben bis nach 1945 die prägende Kraft im Dorf. Bis 1874 bleibt der Charakter des Dorfes weitgehend unverändert. Grundlegend neue Strukturen schaffen die Verlängerung der Bahnlinie von Interlaken-Ost nach Bönigen und der Bau des Bahnhofes mit der Schiffsanlegestelle. Strassen, Wohnbauten und Wirtschaftsgebäude werden auf die neuen Verkehrswege hin ausgerichtet. Die Gebiete in der Ebene und gegen den See hin gewinnen stark an Bedeutung. Damit verliert der ursprüngliche Dorfkern stark an Bedeutung als Wohn- und Arbeitsmittelpunkt.